Bộ Y tế đã thẩm định, phê duyệt dự toán chậm, vượt thời gian quy định; một số gói thầu phê duyệt danh mục mua sắm còn thiếu căn cứ, chưa tổng hợp hết ý kiến của các thành viên trong Hội đồng khoa học.
Do tình hình dịch bệnh COVID-19, tất cả các lớp học tại bệnh viện hiện đang tạm hoãn nên không có học viên theo học tại bệnh viện.
Mặc dù UBND TP Hà Nội đã ban hành quy định rõ mức thu phí trông giữ xe đạp, xe máy, ôtô trên địa bàn; tuy nhiên, bãi giữ xe cổng bệnh viện Việt Đức vẫn phớt lờ các quy định này, ngang nhiên chặt chém,