Điều đáng nói là, sau khi thực hiện cổ phần hóa, được tư nhân nắm giữ cổ phần chi phối sau đó đã chuyển đổi mục đích sử dụng sang đất thương mại dịch vụ. Trường hợp nhà nước nắm cổ phần chi phối thì thực hiện liên doanh liên kết với doanh nghiệp bên ngoài để thực hiện các dự án thương mại - dịch vụ. Hàng loạt những bất cập trong cổ phần hóa đã tạo “kẽ hở” để các đại gia thâu tóm những doanh nghiệp có quỹ đất giá trị sinh lời cao, nhằm chuyển đổi mục đích sử dụng đất mà không phải đấu giá, gây thất thoát, tham nhũng.
KTNN cũng chỉ ra rằng, trong thời gian dài trước đó cho đến hết năm 2017, thành phố Hà Nội chưa chỉ đạo các doanh nghiệp (ngoại trừ Tổng công ty Harpro) xây dựng phương án sử dụng đất riêng trước khi xác định giá trị doanh nghiệp; không kiên quyết thu hồi những diện tích đất chưa phù hợp với phương án hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp. Thậm chí có trường hợp thành phố cho phép thay đổi mục đích sử dụng từ trụ sở làm việc sang kinh doanh thương mại, dịch vụ không đúng theo phương án cổ phần hóa.
Cá biệt, có doanh nghiệp khi chưa được cấp có thẩm quyền cho phép đã thực hiện bàn giao trên 2.600 m2 đất đang quản lý cho doanh nghiệp khác để thực hiện dự án khu nhà ở tái định cư và kinh doanh. KTNN đã kiến nghị UBND thành phố Hà Nội thu hồi hàng chục héc ta đất, yêu cầu kiểm tra, xử lý các sai phạm được phát hiện qua kiểm toán.